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注册一般纳税人公司的费用通常由公司承担。这些费用包括税务登记、工商注册等费用。在公司注册过程中，需要缴纳一定的行政费用，这些费用通常由公司自行承担。此外，一般纳税人公司的注册流程相对复杂，需要专业的财务和税务知识，因此可能需要聘请专业的代理机构进行办理，代理机构的费用也是由公司承担。

具体的费用可能因地区和政策的不同而有所差异，如果您想了解更详细的信息，建议咨询当地的工商部门或专业的代理机构。